Entenda a causa e como resolver a Rejeição 690 - Pedido de cancelamento para NF-e com CT-e ou MDF-e
CENÁRIO
Uma NF-e pode estar referenciada em diferentes CT-es ou MDF-es, nos Grupos de Documentos referenciados deste modelos. Quando uma NF-e está vinculada a um CT-e ou MDF-e, esta não poderá ser Cancelada. Caso o emitente da NF-e tente registrar um Evento de Cancelamento, quando há um vinculo desta com um CT-e ou MDF-e a Sefaz retornará a rejeição "690 - Pedido de cancelamento para NF-e com CT-e ou MDF-e"
O cenário ocorre da seguinte maneira:
1. Por algum motivo o cliente precisa cancelar a nota;
2. Tenta cancelar a NF-e sem antes cancelar o MDF-e e/ou o CT-e;
3. Recebe a rejeição "690 Rejeição: Pedido de Cancelamento para NF-e com CT-e", e não consegue realizar o cancelamento.
Sempre nesse caso é preciso fazer o cancelamento do MDF-e e/ou CT-e primeiro, antes de fazer o cancelamento da NF-e
Exemplo:
Um cliente tentou realizar o cancelamento no nosso sistema antes de realizar o cancelamento do MDF-e ou CT-e. Conforme vemos, a hora do cancelamento da NF-e foi as 11:13hrs

Consultando na Sefaz, vemos que a hora do cancelamento do MDF-e foi as 11:17 hrs, ou seja ocorreu somente após a tentativa de cancelar a NF-e.

SOLUÇÃO
O que orientamos ao clientes nesse caso é:
1º Faça o cancelamento do MDF-e e/ou CT-e;
2º Após confirmar que o MDF-e e/ou CT-e foi cancelado, faça o cancelamento da NF-e.
Após seguir a orientação corretamente, a nota é cancelada com sucesso.
Referência
- Manual de Orientação ao Contribuinte (v. 6.00) - http://www.nfe.fazenda.gov.br/portal/exibirArquivo.aspx?conteudo=URCYvjVMIzI=