Entenda a causa e como resolver a Rejeição 539: Duplicidade de MDFe, com diferença na Chave de Acesso.
Causa
Ao emitir um MDF-e e já existir outro emitido com o mesmo CNPJ emitente, modelo, série e número, mas com a data de emissão, tipo de emissão ou código numérico ou outras posições da chave de acesso diferentes, retornará à rejeição 539.
Regra de Validação da Sefaz:
Como Resolver
Deve ser alterada a numeração da MDF-e para uma que ainda não tenha sido utilizada naquela série. Por exemplo, se anteriormente a empresa emitiu até a numeração 800, na série 1, agora deve ser configurado a emissão a partir da numeração 801 nessa série. Em caso de dúvidas adicionais favor entrar em contato com o suporte.