539 - Duplicidade de NF-e, com diferença na Chave de Acesso
Causa:Ocorre quando é emitida uma NF-e e na Sefaz já existir outra NF-e já autorizada, com o mesmo CNPJ Emitente, Modelo, Série e Número, mas com, Data de Emissão, Tipo de Emissão ou Código Numérico ou outras posições da Chave de Acesso diferentes.
Exemplo:
Foi emitida uma NF-e no ano de 2014 com a numeração 1 e série 0. No ano seguinte a mesma numeração e série foram usadas para a emissão de uma nova NF-e. Como o Ano é parte integrante a Chave de Acesso, haverá diferença e será retornado rejeição.
Obs: Nesse terceiro caso, a Sefaz não está permitindo que você reinicie sua sequência numérica a cada ano. A reinicialização da sequência numérica das NF-es é aceita na maioria das Sefaz, mas algumas não permitem.
Regra de validação da SEFAZ:

Como resolver:
Nada pode-se fazer, deve-se emitir a NF-e que foi rejeitada com outra numeração, ainda não utilizada no ano corrente ou em anteriores.
Referências:
Manual de Orientação ao Contribuinte v. 6.00:
https://www.nfe.fazenda.gov.br/portal/exibirArquivo.aspx?conteudo=URCYvjVMIzI=